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有能な外科研修医のギソは、２年前に起きたある出来事がきっかけで父に反発し、冷淡な医師となっていた。そんなある日、ギソは恋人で医師のジミンが末期のすい臓がんであると知る。死期を悟ったジミンは、最期に自分の施した輸血が原因でHIVに感染してしまった少女に謝罪をしたいと告げ、成す術がないギソはジミンと共に少女の住む“プルン島（青い島）”行きの船に乗りこむ。ジミンは偶然にも船に乗り合わせた少女ボムと出くわすが…。

認知症の祖父ビョングクと幼い娘ボムを抱える未婚の母ヨンシンは、初恋の人ソクヒョンの母グクチャからしきりに再婚を勧められるが気乗りしない。一方、ジミンの死により自暴自棄になったギソは問題を起こして病院を辞職し、母の経営する会社で働き始める。リゾート開発事業の調査のために、母の部下ソクヒョンとプルン島を訪れたギソは、ジミンの持っていたクマのぬいぐるみを背負う老人ビョングクを見かけて後を追う。

ソクヒョンと連絡が取れず、行く宛が無くなったギソは、成り行きでヨンシンの家に泊まることに。ソクヒョンは甥のヨンジュに会いに来たボムがグクチャに嫌われている様子を目の当たりにして心を痛める。グクチャはソクヒョンの気持ちがヨンシンに揺れるのを恐れ、再びヨンシンにお見合い話を押しつける。一方、ソクヒョンとヨンジュがバスケットボールで遊ぶのを側で見ていたボムはボールに当たって鼻血を出す。

ヨンシンがボムに一人で鼻血を拭きとらせているのを見かけたギソは、ボムこそがジミンの輸血によってHIVに感染した少女だと気付く。一方、ソクヒョンもヨンシンの不可解な行動が気にかかり、恋人のウニが島に訪ねてきても心ここにあらずであった。そんなある日、ソクヒョンと遊んでいたビョングクがふとしたことで海に落ちてしまう。診療所に運んだソクヒョンは駆けつけたギソと出くわし、ギソがヨンシンの家に住んでいることを知る。

しばらくプルン島に留まることを決めたギソは、ヨンシンに宿泊費を前払いし、ギソにすっかりなついたボムは大喜びする。リゾート開発の用地を買収するために動き始めたソクヒョンはライバル組織と乱闘になり、助けに入ったギソが刺されて怪我を負ってしまう。自ら刺し傷を縫い合わせるギソを見て、ソクヒョンはギソが医師であると知る。親友のソランからギソの恋人が亡くなった経緯を聞いたヨンシンは、熱を出したギソを一晩中介抱する。

妊娠の兆候を見せたウニは産婦人科を訪れるが、逆に子供が出来にくい身体だと宣告される。何も知らずに島に戻ったソクヒョンは、コの土地の権利書を手に入れるためにギソにイカサマ賭博をするように命じる。コの家庭環境を知ったギソは最後の最後で賭博を放棄するが、その直後、コの妻が自殺未遂を図る。ギソがコの家族を追い詰めたと誤解したヨンシンはギソを非難して追い出すが、ギソは不器用に生きるヨンシンを放っておけず…。

お見合い相手の前でギソにキスされたヨンシンは放心状態になり、その様子を陰で見ていたソクヒョンは動揺を隠せない。翌日、コの家を訪ねたソクヒョンは容体が悪化したコの妻を発見して診療所へ運ぶ。コの妻はギソの応急処置によって一命を取り止め、その話を伝え聞いたヨンシンはギソを見直す。一方、ソクヒョンとヨンシンの関係を知らないウニはビョングクとボムをグクチャの家に招き入れ、賢く心優しいボムをかわいがる。

ギソは農薬散布中に倒れたコの妻に応急手術を施すが、妻は死亡してしまう。コの土地を狙っての行動だと疑われて警察に連行されたギソは、殺人犯だと罵られてメスを置いた父の姿と自分を重ね合わせて殺害を認める。ヨンシンとオ医師は必死に無実を訴えかけ、ソクヒョンもコの真証言を得るべく雨の中で座りこみをする。コの証言により無実で釈放されたギソは、無気力のまま島を離れる。

ボムがHIV感染者だと知った島の人々はヨンシンの家族を避け始める。オ医師は簡単には感染しないことを説明するが、聞く耳を持ってもらえない。いたたまれなくなったヨンシンは島を出ることを決意し、ソクヒョンに家を探してもらう。引っ越し当日、ヨンシンはソウルに遊びに行くと嘘をついてボムとビョングクを連れ出すが、状況を感じ取ったビョングクに異変が起きる。そこにヨンシン一家を心配して島に戻ったギソが現れ…。

ボムの家出を知ったヨンシンはショックで倒れてしまう。ふらふらになりながらボムを探しに出かけたヨンシンをギソは叱咤激励しつつ共に探しまわる。本土行きの船上でボムを見かけたソクヒョンは、落ち込むボムを励ますために遊園地に遊びに行く。人との接触を恐れるボムに、感染を防ぐ魔法のコートだと嘘をついてレインコートを着させたソクヒョンは、優しい子に育ったボムに父性を抱くとともに、ヨンシンへの罪悪感で涙する。

ギソからボムとの関係を問い詰められたソクヒョンは返答できず、ギソはボムを連れて島へ帰る。翌日、魔法のコートを信じるボムは学校へ行こうとする。ギソはそれを止めるために、自分は天使のボムを守る守護天使だと嘘をつき、これからは自分の言うことを聞くようにと諭す。一方、ボムのことが頭から離れないソクヒョンは休職願いを提出する。ソクヒョンの変化に気づいたグクチャは、ヨンシンを呼び出して釘を刺そうとするが…。

ギソを気遣って距離を置こうとするヨンシンに、ギソは想いを告白し、HIV感染者でも堂々とすべきだと教える。島にやって来たソクヒョンはギソに自分がボムの父だと告げるが、ギソは名乗り出ようとはしないソクヒョンを非難する。そんな中、島の人々がヨンシン一家を追い出そうと怒鳴りこんでくる。ヨンシンは堂々と事情を説明するが、聞き入れてもらえない。一方、ソクヒョンの日記を読んだウニは、ヨンシンとの関係を知ってしまう。

友達に石を投げられたボムをかばったグクチャは診療所でギソの手当てを受ける。心配して駆け付けたヨンシンは、グクチャからひどく責められても言葉を返せない。耐えてばかりのヨンシンに業を煮やしたギソはつい怒りをぶつけてしまう。島に台風が近づく中、子猫を見に行ったボムとボラムが防空壕に落ちてしまう。2人を助けたヨンシンは命に関わる重傷を負い、ギソとオ医師は輸血者を探して走り回るが、島の人の反応は冷たく…。

ソクヒョンらの輸血のおかげで一命を取り留めたヨンシンは本土の病院に移送される。ソクヒョンはヨンシンがいない間、ビョングクとボムの世話をグクチャに託し、嫌々ながらも引き受けたグクチャはボムの健気さに心を動かされ始める。ソクヒョンは改めてギソにヨンシンとやり直したいと宣言するが、ギソもまたヨンシンに対する想いを堂々と告げて対抗する。ギソはヨンシンの家族を養うのは並大抵のことではないとの忠告を受けるが…。

ソクヒョンに抱きしめられたヨンシンはきっぱりと拒絶し、もう自分の人生に関わらないで欲しいと告げる。相変わらずヨンシンにつらく当るグクチャに心を痛めるソクヒョンは、過去の出来事は忘れて素直になるように説得する。ソクヒョンに子猫の家を造ってくれと頼んだボムは、自然にパパという言葉を口にする。その頃、ギソと浜辺を散歩していたヨンシンは、ギソの元恋人がボムをHIVに感染させた医師だったと告白されて激しく動揺する。

ビョングクが他界してから食事をとろうとしないヨンシンを心配するギソだが、ギソが責任感から自分たちに近づいたと誤解するヨンシンは拒絶し続ける。ギソの説得で久しぶりに登校したボムは、自分がいなくても楽しそうに授業を受ける仲間たちの姿に寂しさを感じて逃げ帰ってしまう。島での生活に限界を感じたヨンシンは、ギソが診療に出ている間に家を引き払ってしまう。家財道具が無くなった家に戻ったギソは驚いて後を追うが…。